মিথাইলেশন-স্পেসিপিসি পিসিআর (এমএসপি) কিট

A-1 টেমপ্লেট

■ টেমপ্লেটটিতে প্রোটিন অমেধ্য বা তাক ইনহিবিটারস ইত্যাদি রয়েছে DNA ডিএনএ টেমপ্লেট শুদ্ধ করুন, প্রোটিনের অমেধ্য দূর করুন বা পরিশোধন কিট দিয়ে টেমপ্লেট ডিএনএ বের করুন।

Template টেমপ্লেটের বিকৃতি সম্পূর্ণ হয় না den যথাযথভাবে বিকৃতি তাপমাত্রা বৃদ্ধি করে এবং বিকৃতি সময়কে দীর্ঘায়িত করে।

■ টেমপ্লেট অবনতি the টেমপ্লেটটি পুনরায় প্রস্তুত করুন।

A-2 প্রাইমার

Pri প্রাইমারের দরিদ্র গুণ the প্রাইমার পুনরায় সংশ্লেষিত করুন।

■ প্রাইমার অবনতি —— সংরক্ষণের জন্য উচ্চ ঘনত্বের প্রাইমারগুলিকে ছোট ভলিউমে ভাগ করে নিন। একাধিক হিমায়িত এবং গলা বা দীর্ঘমেয়াদী 4 ° C cryopreserved এড়িয়ে চলুন।

Pri প্রাইমারের অনুপযুক্ত নকশা (যেমন প্রাইমারের দৈর্ঘ্য পর্যাপ্ত নয়, ডাইমার প্রাইমার ইত্যাদির মধ্যে গঠিত)

A-3 Mg²⁺একাগ্রতা

■ এমজি²⁺ ঘনত্ব খুব কম - সঠিকভাবে Mg বৃদ্ধি²⁺ ঘনত্ব: Mg অনুকূল করুন²⁺ অনুকূল Mg নির্ধারণ করতে 0.5 মিমি ব্যবধানের সাথে 1 মিমি থেকে 3 মিমি পর্যন্ত প্রতিক্রিয়াগুলির একটি সিরিজ দ্বারা ঘনত্ব²⁺ প্রতিটি টেমপ্লেট এবং প্রাইমারের জন্য ঘনত্ব।

A-4 অ্যানিলিং তাপমাত্রা

An উচ্চ অ্যানিলিং তাপমাত্রা প্রাইমার এবং টেমপ্লেটের বাঁধনকে প্রভাবিত করে। - অ্যানিলিং তাপমাত্রা হ্রাস করুন এবং 2 ডিগ্রি সেন্টিগ্রেডের গ্রেডিয়েন্টের সাথে শর্তটি অনুকূল করুন।

A-5 এক্সটেনশনের সময়

■ সংক্ষিপ্ত এক্সটেনশন সময় extension এক্সটেনশন সময় বাড়ান।

ফেনোমেনা: নেতিবাচক নমুনাগুলি লক্ষ্য ক্রম ব্যান্ডগুলিও দেখায়।

পিসিআর এর A-1 দূষণ

Target টার্গেট সিকোয়েন্স বা পরিবর্ধন পণ্যের ক্রস দূষণ fully নেতিবাচক নমুনায় টার্গেট সিকোয়েন্স সম্বলিত নমুনাটি পাইপ না করা বা সেগুলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব থেকে ছিটকে না দেওয়া। বিদ্যমান নিউক্লিক অ্যাসিডগুলি দূর করার জন্য রিএজেন্ট বা সরঞ্জামগুলি অটোক্লেভ করা উচিত এবং নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ পরীক্ষার মাধ্যমে দূষণের অস্তিত্ব নির্ধারণ করা উচিত।

■ রিএজেন্ট দূষণ liএলিয়াক্ট রিএজেন্ট এবং কম তাপমাত্রায় সঞ্চয় করে।

A-2 প্রাইমr

■ এমজি²⁺ ঘনত্ব খুব কম - সঠিকভাবে Mg বৃদ্ধি²⁺ ঘনত্ব: Mg অনুকূল করুন²⁺ অনুকূল Mg নির্ধারণ করতে 0.5 মিমি ব্যবধানের সাথে 1 মিমি থেকে 3 মিমি পর্যন্ত প্রতিক্রিয়াগুলির একটি সিরিজ দ্বারা ঘনত্ব²⁺ প্রতিটি টেমপ্লেট এবং প্রাইমারের জন্য ঘনত্ব।

■ অনুপযুক্ত প্রাইমার নকশা, এবং লক্ষ্য ক্রম অ-লক্ষ্য ক্রম সঙ্গে সমজাতীয়তা আছে। -প্রাইমারগুলি পুনরায় ডিজাইন করুন।

ফেনোমেনা: PCR পরিবর্ধন ব্যান্ডগুলি প্রত্যাশিত আকারের সাথে অসঙ্গতিপূর্ণ, বড় বা ছোট, অথবা কখনও কখনও নির্দিষ্ট পরিবর্ধন ব্যান্ড এবং অ-নির্দিষ্ট পরিবর্ধন ব্যান্ডগুলি ঘটে।

এ -1 প্রাইমার

Oor দরিদ্র প্রাইমার নির্দিষ্টতা

-পুনরায় ডিজাইন প্রাইমার।

■ প্রাইমার ঘনত্ব খুব বেশী ro সঠিকভাবে বিকৃতি তাপমাত্রা বৃদ্ধি এবং বিকৃতি সময় দীর্ঘায়িত করে।

A-2 Mg²⁺ একাগ্রতা

Mg এমজি²⁺ ঘনত্ব খুব বেশি - Mg2+ ঘনত্বকে যথাযথভাবে হ্রাস করুন: Mg অনুকূল করুন²⁺ অনুকূল Mg নির্ধারণ করতে 0.5 মিমি ব্যবধানের সাথে 1 মিমি থেকে 3 মিমি পর্যন্ত প্রতিক্রিয়াগুলির একটি সিরিজ দ্বারা ঘনত্ব²⁺ প্রতিটি টেমপ্লেট এবং প্রাইমারের জন্য ঘনত্ব।

A-3 থার্মোস্টেবল পলিমারেজ

En অত্যধিক এনজাইমের পরিমাণ 0.5 0.5 ইউ এর ব্যবধানে এনজাইমের পরিমাণ যথাযথভাবে হ্রাস করুন।

A-4 অ্যানিলিং তাপমাত্রা

An অ্যানিলিং তাপমাত্রা খুব কম rop যথাযথভাবে অ্যানিলিং তাপমাত্রা বৃদ্ধি করুন বা দুই-স্তরের অ্যানিলিং পদ্ধতি অবলম্বন করুন

A-5 PCR চক্র

PC অনেক বেশি পিসিআর চক্র PC পিসিআর চক্রের সংখ্যা হ্রাস করুন।

এ -1 প্রাইমারOor দুর্বল নির্দিষ্টতা the প্রাইমারের পুনরায় ডিজাইন করুন, প্রাইমারের অবস্থান এবং দৈর্ঘ্য পরিবর্তন করুন যাতে এর নির্দিষ্টতা বৃদ্ধি পায়; অথবা নেস্টেড পিসিআর করুন।

A-2 টেমপ্লেট ডিএনএ

টেমপ্লেটটি খাঁটি নয় the টেমপ্লেটটি শুদ্ধ করুন বা পরিশোধন কিট দিয়ে ডিএনএ বের করুন।

A-3 Mg²⁺ একাগ্রতা

—— এমজি²⁺ ঘনত্ব খুব বেশি roপ্রতিমভাবে Mg কমানো²⁺ ঘনত্ব: Mg অনুকূল করুন²⁺ অনুকূল Mg নির্ধারণ করতে 0.5 মিমি ব্যবধানের সাথে 1 মিমি থেকে 3 মিমি পর্যন্ত প্রতিক্রিয়াগুলির একটি সিরিজ দ্বারা ঘনত্ব²⁺ প্রতিটি টেমপ্লেট এবং প্রাইমারের জন্য ঘনত্ব।

এ -4 ডিএনটিপি

- ডিএনটিপিগুলির ঘনত্ব খুব বেশি - ডিএনটিপির ঘনত্ব যথাযথভাবে হ্রাস করুন

A-5 অ্যানিলিং তাপমাত্রা

- খুব কম অ্যানিলিং তাপমাত্রা rop যথাযথভাবে অ্যানিলিং তাপমাত্রা বাড়ান

A-6 চক্র

Ooঅনেক চক্র theচক্র সংখ্যাটি অপটিমাইজ করুন

প্রথম ধাপ হল উপযুক্ত পলিমারেজ নির্বাচন করা। নিয়মিত Taq পলিমারেজ 3'-5 'exonuclease কার্যকলাপের অভাবের কারণে প্রুফরিড করতে পারে না, এবং অসঙ্গতি টুকরাগুলির এক্সটেনশন দক্ষতা ব্যাপকভাবে হ্রাস করবে। অতএব, নিয়মিত তাক পলিমারেজ 5 কেবি -র চেয়ে বড় টার্গেট টুকরোগুলোকে কার্যকরভাবে প্রসারিত করতে পারে না। এক্সটেনশন দক্ষতা উন্নত করতে এবং দীর্ঘ টুকরো পরিবর্ধনের চাহিদা পূরণের জন্য বিশেষ পরিবর্তন বা অন্যান্য উচ্চ বিশ্বস্ততা পলিমারেজ সহ তাক পলিমারেজ নির্বাচন করা উচিত। উপরন্তু, লম্বা টুকরোগুলির পরিবর্ধনের জন্যও প্রাইমারের নকশা, বিকৃতি সময়, এক্সটেনশনের সময়, বাফার পিএইচ ইত্যাদি সমন্বয় প্রয়োজন, সাধারণত, 18-24 bp সহ প্রাইমারগুলি ভাল ফলন দিতে পারে। টেমপ্লেট ক্ষতি রোধ করার জন্য, 94 ডিগ্রি সেন্টিগ্রেডে বিকৃতির সময় কমিয়ে 30 সেকেন্ড বা প্রতি চক্র কম করা উচিত, এবং পরিবর্ধনের আগে তাপমাত্রা 94 ডিগ্রি সেলসিয়াসে বাড়ানোর সময় 1 মিনিটেরও কম হওয়া উচিত। তদুপরি, এক্সটেনশনের তাপমাত্রা প্রায় 68 ডিগ্রি সেলসিয়াসে সেট করা এবং 1 কেবি/মিনিটের রেট অনুসারে এক্সটেনশনের সময় ডিজাইন করা দীর্ঘ টুকরোগুলির কার্যকর পরিবর্ধন নিশ্চিত করতে পারে।

উচ্চ বিশ্বস্ততার সাথে বিভিন্ন ডিএনএ পলিমারেজ ব্যবহার করে পিসিআর পরিবর্ধনের ত্রুটির হার হ্রাস করা যেতে পারে। এখন পর্যন্ত পাওয়া সমস্ত তাক ডিএনএ পলিমারেজের মধ্যে, পিএফইউ এনজাইমের সর্বনিম্ন ত্রুটির হার এবং সর্বোচ্চ বিশ্বস্ততা রয়েছে (সংযুক্ত টেবিলটি দেখুন)। এনজাইম নির্বাচন ছাড়াও, গবেষকরা প্রতিক্রিয়া অবস্থার অপ্টিমাইজেশনের মাধ্যমে পিসিআর মিউটেশনের হার আরও কমাতে পারেন, যার মধ্যে রয়েছে বাফার কম্পোজিশন, থার্মোস্টেবল পলিমারেজের ঘনত্ব এবং পিসিআর চক্র সংখ্যা অপ্টিমাইজ করা।